氣相色譜儀氣源常用的氣源有氮氣、氫氣、空氣。氣相色譜儀氣源選擇，一看檢測器要求；二看氣源輸出氣體純度；三看氣源儀器穩定性。
　　操作氣相色譜儀如何選用不同氣體純度的氣相色譜儀氣源做載氣和輔助氣體，雖然是一個老的技術問題，但是對于剛剛接觸氣相色譜儀的用戶，目前很難找到有關這方面的綜合資料。根據每一家用戶具體使用的那一類（高、中、低）儀器，選擇什么樣純度的氣體，確實是一個比較復雜的問題。原則上講，選擇氣體純度時，主要取決于：
　　分析對象；色譜柱中填充物；檢測器。
　　在滿足分析要求的前提下，盡可能選用純度較高的氣體做氣相色譜儀氣源。這樣不但會提高（保持）儀器的高靈敏度，而且會延長色譜柱，整臺儀器（氣路控制部件，氣體過濾器）的壽命。實踐證明，作為中儀器，長期使用較低純度的氣體氣源，一旦要求分析低濃度的樣品時，要想恢復儀器的高靈敏度有時十分困難。對于低檔儀器，作常量或半微量分析，選用高純度的氣體，不但增加了運行成本，有時還增加了氣路的復雜性，更容易出現漏氣或其他的問題而影響儀器的正常操作。
　　另外，為了某些特殊的分析目的要求特意在載氣中加入某些“不純物”；如分析極性化合物添加適量的水蒸氣，操作火焰光度檢測器時，為了提高分析硫化物的靈敏度，而添加微量硫。操作氦離子化檢測器要氖的含量必須在5~25ppm，否則會在分析氫，氮和氬氣時產生負峰或“W”形峰等。